個人のやり取りではLINEを使用することが多いのですが、会社ではまだスカイプを使っています。
マイクロソフトのスカイプ買収～マイクロソフトアカウントととの統合あたりからスカイプ周辺のニュースなども賑わってますよね。
そんなスカイプですが、バージョン7．X系にアップデートしたあたりからメッセージの未読が消え無くなり不便になりました。
メッセージを開いたら未読マークは消えてほしいのですが、自分が発言するか、右クリックして「既読にする」を選ばないと消えないんです・・・。
メッセージの通知に気づかなくなって困ってたんですよね。
履歴を一旦消すとか、スカイプの再インストールをするなど試しても有効なものはありませんでした。
どうにもならなくて、2～3日前にリリースしたアップデート（Ver 7.18.0.109）をとりあえず入れたところ、なんと改善されました。
この症状で困っている場合はとりあえず最新版に更新するのが良さそうです。